學士班課程

學士班畢業學生需至少修習128學分，其中共通科目共28學分，專業必修共63學分，專業選修至少37學分。大四設有書報討論做為總結性課程，修習前並設有前置課程之門檻。

碩士班課程

碩士班畢業學分為24學分(碩士論文不計學分)，含必修6學分及選修18學分；另外開設產業實習。

學碩一貫課程

大學部與碩士班合併五年可取得大學與碩士班學位。

博士班課程

博士班畢業學分為30學分，含必修11學分及19學分選修課程。研究特色將朝向環境生物科技方向發展，特別是應用現代生物研究技術於本領域的研究。

東福海洋生物專班課程

與中國大陸高教系統共同成立的「3+1」模式專班。

雙聯學制課程

與美國普渡大學(Purdue university northwest)生物科學系共同設立雙聯學制。

產學實習課程

透過產業實習讓學生對生涯發展有更多的了解。