大學部

分成應用微生物組及生物科技組招生。應用微生物組課程以微生物學為主軸，發展應用與環境微生物課群，培育拓展食品、工業暨發酵和環境微生物學領域潛力的生物科技人才。生物科技組課程以微生物學為主軸，發展分子生物及細胞免疫微生物課群，培育拓展分子細胞遺傳和免疫領域潛力的生物科技人才。兩組課程設計皆有理論、基礎與應用課程。二組畢業生皆能進入原規劃之產業界工作或從事學術的研究與教學。

 研究所

碩士班在專業課程分流兩組課群。生技品保專業課群是使學生能具備產業界之微生物品保與品管能力，著重食品安全與微生物檢驗與分析；生技研發專業課群是訓練學生具備產業界之研發專業能力，加強分子遺傳、細胞工程、發酵技術及生物資料分析。博士班朝向環境生物科技方向發展，培育高級生物科技研發人才。