微生物學系獎助學金
東吳大學微生物學系之友獎助學金
本校學生事務處生活輔導組有各項獎助學金資訊，本系由全系教師捐助成立「東吳大學微生物學系之友獎助學金」，每學期提供本系表現優良學生獎學金及補助清寒學生助學金。本系另於每學年末舉辦學士班論文競賽並擇優發給獎學金及獎狀鼓勵。
微生物學系劉保漢先生紀念獎助學金
本校微生物學系73級傑出校友劉世高博士，因感念母系的教育與提攜，以及不忘其故尊翁劉保漢先生畢生教誨與淳厚父愛，於107 年 6 月 19 日特捐資微生物學系成立「劉保漢先生紀念獎助學金」，每學年捐贈120萬台幣，下設「學、碩士一貫學程獎學金」、「碩士班一般生獎學金」「碩士班學生實習獎學金」、「碩士班學生急難清寒助學金」及「學士班學生參與暑期研究獎學金」等獎助項目，用以培育系上優秀人才及協助清寒學生安心就學。
東吳大學微生物學系第五屆系友獎學金
本校微生物學系李錦堃學長等人為感謝學校栽培，欲捐資成立獎學金獎勵認真好學之母系學生，獎學金辦法經第五屆學長姐、學系及本中心討論後訂立。
碩博士班工讀獎助學金