包含多媒體微生物學習網站、生命科學共通教育、微生物夏令營與外雙溪環境生態網站等網路學習資源。不僅包含多媒體輔助教材，更可以透過線上學習微生物學與研究技術。

本系共有教學實驗室3間、P2級生物安全實驗室1間、碩博士班研究生讀書空間1間、學生小組研討室2間、系學生會空間1間、助教輔導空間1間及老師研究室12間等，另外還包括顯微鏡室、細胞培養室、離心機室、貴重儀器室等公用實驗室。

本系每學年提供各教學實驗科目足夠的藥品與耗材，並持續汰換與增添教學及實驗儀器設備，使每位學生皆能親手操作實驗，培養手腦並用的微生物專業人才。

學系整合各領域教師，組成以「環境生物科技」為發展重點之研究團隊，積極爭取校內外資源，提升本系學生研究能力和教師學術貢獻。學系教師並獲得多次科技部私校特色發展計畫、跨領域計畫，中華民國發明專利權等，屢獲教育部彈性薪資、科技部研究傑出、研究優良、本校學術研究減授授課時數、研究論著等獎勵。

包含安全衛生教育訓練講義、東吳大學自動檢查計劃及檢點表、毒性化學物質證照資料彙整、毒性化學物質管理辦法、毒性化學物質清單與毒性化學物質相關使用用途申請表等可供下載閱讀。