為鼓勵本系同學努力向學，學系設立東吳大學微生物學系之友獎助學金。本獎助學金由本系主任及二名專任教師審核通過後發放。另根據「東吳大學研究生獎助學金辦法」、「微生物學系研究生獎助學金施行細則」發放碩博士班工讀獎助學金。

本校設有「東吳大學修讀學士學位優秀新生獎勵」、「東吳大學學士班優秀學生獎學金」、「東吳大學碩博士班優秀新生獎勵」、「弱勢學生助學金」及急難救助等多項獎助學金，另有校外單位捐贈數十種「全校性」或「限定學系」之各類獎助學金提供學生申請。

本系每學年提供各教學實驗科目足夠的藥品與耗材，並持續汰換與增添教學及實驗儀器設備，使每位學生皆能親手操作實驗，培養手腦並用的微生物專業人才。

深入淺出的教學，精彩有趣的實驗與活潑生動的營隊生活，必使同學有豐富又難忘的暑假。