1.花卉及觀賞植物

蝴蝶蘭及文心蘭為對象之有關下列(1.1~1.6)生理現象與生化作用之基因研究：

1.1抗病及抗蟲
1.2 產期及產量
1.3 花色、香味及花型
1.4 抗溫度逆境因
1.5 開花機制
1.6 花卉保鮮及抗老化
1.7 開發功能性基因之基因體研究技術之建立

2.植物保護

2.1 作物或原生植物（如雜草）中抗蟲及抗病相關 基因之研究。抗病方面包括抗病毒、抗細菌及抗土壤傳播病害。抗蟲方面包括儲藏性蟲害、一般作物上之蚜蟲、薊馬、蹣類、粉蝨以及葉菜類、瓜菜類、及果菜類之關鍵性害蟲

2.2 害蟲病原微生物及病菌拮抗性微生物基因體之研究。含病毒、真菌、細菌及放射線菌等

2.3 抵抗「影響農作物生產之非生物性逆境因子」之基因體研究；如抗光氧化物等

3.水產養殖

3.1 魚蝦類功能性基因之研究

3.1.1 經濟性魚蝦類（吳郭魚、石斑魚、草蝦及其他經濟養殖蝦 種）生殖、發育、生長、免疫與抗環境逆境等相關功能性基因之基因體資料庫建立，及其生理功能之研究。
3.1.2 以基因轉殖與分子育種技術、開發適合養殖之優良品種

3.2 水產致病微生物(包括病毒)功能性基因之研究

3.2.1 國內重大養殖魚類病毒(IPNV、NNV)與蝦類病毒 (WSSV、IHHNV)之基因體構造，抗病毒關鍵機制因子之篩選，開發抗多價病毒之技術
3.2.2 應用抗病毒基因作用機制，開發水產病源株或病源基因鑑定技 術及抗病毒製劑

4.畜產/動物用疫苗

4.1. 疫苗開發之關鍵技術

4.1.1研發疫苗新佐劑與劑型之關鍵技術
4.1.2研發重要動物及水產疾病疫苗
4.1.3以生物反應器生產動物用疫苗技術之研發
4.1.4建立疫苗品質認證技術

4.2 畜產科技關鍵技術

4.2.1家畜基因轉殖及複製技術之研發及應用

4.3 畜產動物功能性基因體及蛋白質體之研究與應用

4.3.1豬和土雞繁殖力相關轉錄體及cDNA晶片之研發
4.3.2豬和土雞繁殖力相關蛋白質體及蛋白質晶片之研發
4.3.3經濟動物基因體及蛋白質體資訊中心之建立及運作

4.4 畜產動物經濟性狀遺傳標幟之開發與應用

4.4.1豬隻高繁殖力性狀遺傳標幟之開發與應用
4.4.2土雞遺傳標幟之開發及應用與核心育種場之建立及運作

4.5 畜產動物病原微生物基因體研發與應用

4.5.1重要病原微生物基因體序列演化之研究與應用
4.5.2病原微生物與動物體互動模式及生物資訊學之研究與應用

5. 植物有用基因之利用

5.1 水稻功能性基因之研究

5.1.1 有關水稻生長、發育、抗病蟲害、抗逆境、老化、肥料利用效率、稻米品質與產量等功能性基因研究，包括ESTs資料庫之建立、利用DNA microarray（基因晶片）、insertion mutagenesis（基因插入突變）、ds RNA mediated gene silencing （雙股RNA基因靜默法）、蛋白質體學等方法研究水稻基因功能等。
5.1.2 應用功能性基因於水稻及相關作物之分子育種，以提升品質、產量、產品的經濟價值。

5.2 蔬果類保鮮相關功能性基因體研究

5.2.1 台灣具國際競爭力之蔬果類（木瓜、香蕉、青花菜及瓜類等）保鮮相關功能基因之研究，包括ESTs資料庫、基因晶片與蛋白質體學等。
5.2.2 保鮮相關功能性基因之利用：應用基因轉殖植物創造具保鮮效果之蔬果類，並利用相關基因於食品等相關生物產業上。

5.3 藥用菇菌類功能性基因體研究

5.3.1 台灣本土性藥用菇菌類（靈芝、樟芝、猴頭菇等）有效成分如多醣體、三帖類等生合成基因之研究。
5.3.2 利用基因工程技術提高有效成分之產量。

6.環境保護

6.1 環保微生物基因體之研究

6.1.1 纖維素分解基因研究
6.1.2 除氮基因研究
6.1.3 除臭基因研究

6.2 土壤微生物多源基因體之功能性研究

6.3 生物抗拒吸收土壤重金屬技術之研發

7.保健/藥用植物

7.1 金線連、霍山石斛、山藥及高氏柴胡等藥用植物保健功效功能性基因之研究。

7.1.1 金線連、霍山石斛、山藥及高氏柴胡等藥用植物之保健藥用功 效相關功能性基因之基因體資料庫建立及其生理功能之研究。
7.1.2 以基因轉殖及分子育種技術，轉殖優良基因於易進行細胞培養之藥用植物，開發以懸浮細胞生產名貴藥用成分之技術。

7.2 積極找尋 molecular marker，以分子生物技術進行金線連、霍山石斛、山藥及高氏柴胡等藥用植物基原之鑑定。