本系沿革：
      東吳大學在大陸時期原有生物學系，斐聲國際，並且造就不少人才。民國四十三年東吳大學在臺復校，並於五十九年恢復成立理學院。民國六十八年由當時理學院院長劉源俊教授建議改成立微生物學系，並正式向教育部申請。教育部於民國六十九年元月廿九日正式核准成立微生物學系，並於同年六十九學年度開始招生。東吳大學於民國六十九年二月十三日聘請劉源俊教授負責籌備工作，包括教師的聘用、教學器材的採購等。於是第一年就在鍾金湯教授兼系主任、曾惠中副教授和宋宏紅助教的組合和共同努力下，成為國內唯一在大學部提供完整微生物教學的學系。前七年在第一任系主任鍾金湯教授的領導與規劃下，微生物學系課程編排已頗上軌道、儀器設備也稍具規模。同時逐年聘請許多優秀的專兼任教師，提高教學水準，並使研究工作也能順利進行。
      本系為朝教學日臻完善、研究日益活躍的方向邁進，在鍾金湯主任、趙維良主任先後推動及全系教師配合之下，於七十七年正式經教育部核准成立研究所碩士班，且於同年開始招收學生，更為有志於從事微生物研究之學子提供進修的機會。本系自成立碩士班後，便採系所整體運作方式，在趙主任的領導及配合學校的發展下，這段期間增聘了多位優良教師，研究生與學生實驗空間也有妥適的擴充。後經學校統一規定，八十四學年度起系所採取合一的編制，更有利於資源之運用。九十一學年度起開始籌備及申請 成立博士班，歷經數年的籌備及努力，於九十三學年度獲教育部核准正式成立博士班，自九十四學年度開始招生，博士班的研究特色將朝向環境生物科技方向發展，特別是應用現代生物研究技術於本領域的研究。